Mit den großen Umwälzungen der napoleonischen Zeit veränderte sich der Status des Klosters Maihingen grundlegend, es wurde den neuen Fürsten von Oettingen - Wallerstein übergeben. Die Minoriten konnten allerdings noch relativ lange Zeit im Maihinger Kloster bleiben.
Die Fürsten richteten in ihrem „Hauskloster" (in zwei Grüften unter der Klosterkirche sind zahlreiche Mitglieder des gräflichen bzw. fürstlichen Hauses bestattet) zunächst das fürstliche Justizamt ein (1807 - 1820). Nach dem Ende der staatlichen Eigenständigkeit der Grafschaft wurde das Klostergebäude Sitz der fürstlichen Bibliothek und der Sammlungen (1840 - 1946). Die Bibliothek wurde 1980 vom Freistaat Bayern übernommen.
Vermutlich wurden damals auch einige bauliche Verschönerungen im Haus durchgeführt. Ältere Maihinger erinnern sich noch an Ausstellungen und Konzerte im Festsaal, der heutigen Hauskapelle.
Nach dem zweiten Weltkrieg strömten zahlreiche Flüchtlinge und Vertriebene, u.a. Ungarndeutsche, ins Ries, und es entstand der Bedarf von Plätzen für ältere Menschen, die über keine familiäre Infrastruktur verfügten.