Nach der Wegzug der Birgittinen nach Altomünster stand das Kloster zunächst leer. Doch schon bald wurde durch das gräfliche Haus ein neuer Orden nach Maihingen gerufen: die schwarzen Franziskaner oder Minoriten, die in der Residenz der Grafen bereits als Hofprediger wirkten. Obwohl die Birgittinen juristisch lange Widerstand leisteten, wurde 1607 das Kloster formell den Minoriten übertragen. Diese wirkten in dem noch immer schwer beschädigten Gebäudekomplex als Volks- und Wallfahrtsseelsorger und betrieben hier nicht nur einen Konvent, sondern auch eine Ordenshochschule. Nach der allgemeinen wirtschaftlichen Erholung nach dem Dreißigjährigen Krieg und unter dem klugen und tatkräftigen Guardian Hermann Bartenschlag wagten die Minoriten von 1703 bis 1719 den heute noch stehenden Neubau des Konventgebäudes und der Kirche. Durch die Anna - Kapelle war man an den Ort gebunden, so wurden die alten Gebäude abgebrochen und die Steine gleich wieder beim Neubau verwendet. So ist von dem ersten Kloster nur das ehemalige Brüderhaus erhalten. Es wurde als Brauhaus genutzt und beherbergt heute das Rieser Bauernmuseum.
Für den Neubau wurde der Ordensbruder und Baumeister Ulrich Beer verpflichtet. Er stammte aus einer damals berühmten Baumeisterfamilie aus Vorarlberg, die in Süddeutschland zahlreiche Sakral- und Profanbauten errichteten.

Die Klosterkirche in Maihingen folgt dem sogenannten Vorarlberger Stil des Barock:

• Wandpfeilerbau mit zahlreichen Seitenkapellen
• umlaufende Empore
• hoher, lichterfüllter Raum.

1734-1737 wurde eine neue Orgel errichtet.
Die Kirche ist die drittgrößte im Ries und bietet nach der grundlegenden Renovierung (Erneuerung der kirchlichen Weihe am 16.10.1983) einen höchst beeindruckenden Gesamteindruck.
Die Säkularisation beendete nach beinahe 200 Jahren die Epoche des Klosters der Minoriten.
Die Minoriten haben Glaubensverkündigung, Seelsorge und (theologische) Bildung zur lebendigen Tradition des Ortes hinzugefügt.